Năm 1964, Israel bắt đầu vận hành một đập ngăn nước, chuyển hướng dòng chảy từ biển hồ Galilee vào Hệ thống dẫn nước quốc gia Israel (National Water Carrier of Israel). Cũng trong năm 1964, Jordan đào một kênh dẫn nước từ sông Yarmouk, một chi lưu chính khác của sông Jordan. Syria cũng xây dựng một hồ chứa nước, lấy nước từ sông Yarmouk. Các chuyên gia môi trường cáo buộc Israel, Jordan và Syria gia tăng làm hại hệ sinh thái của sông Jordan.[3]

Trong thời hiện đại, khoảng từ 70% tới 90% nước sông này được dùng cho mục đích của con người và dòng chảy bị giảm hẳn. Vì lý do đó cũng như tỷ lệ bốc hơi khá cao của biển Chết, nước biển bị thu hẹp lại. Các vùng nước nông ở đầu phía nam của biển bị cạn kiệt nước và nay chỉ còn muối đọng lại.

Tháng 9 năm 2006, xảy ra vấn đề ô nhiễm: nước thải từ các cống đổ vào sông. Nơi bị ô nhiễm nhiều nhất là đoạn dài khoảng 96 km xuôi dòng từ biển hồ Galilee tới biển Chết. Theo các chuyên gia môi trường, việc loại trừ ô nhiễm phải mất hàng thập kỷ.[3] Năm 2007, Tổ chức Bạn Trái Đất (Friends of the Earth) ở Trung Đông gọi sông Jordan là một trong 100 nơi nguy cấp nhất về sinh thái trên thế giới, một phần do thiếu sự hợp tác giữa Israel và các nước Ả Rập láng giềng.[4]

Tầm quan trọng

Sông Jordan là nguồn cung cấp nước hết sức quan trọng cho các vùng đất khô cằn trong khu vực, nhưng lại là vấn đề có sự bất đồng giữa các nước Liban, Syria, Jordan, Israel và Palestine.

Giao thông vận tải

Xa lộ 90 của Israel, nối từ mỏm bắc xuống mỏm nam, chạy song song với sông Jordan ở phía tây ngạn.